Μετά την απόφαση των Μεγάλων Δυνάμεων για παραχώρηση της Ελληνικής Βορείου Ηπείρου στην Αλβανία, η αντίδραση των Βορειοηπειρωτών ήταν άμεση. Από τη μία πλευρά η στάση του ελληνικού στρατού να γεννάει ερωτήματα και από την άλλη η στάση της Ελληνικής Κυβέρνησης, με τον «προδοτικό» Βενιζέλο να διαβεβαιώνει τις Μεγάλες Δυνάμεις ότι τα ελληνικά στρατεύματα θα αποχωρούσαν από τη Βόρειο Ήπειρο και «δε θα προέβαλαν αντίσταση, ούτε θα υποστήριζαν, ούτε θα ενθάρρυναν, άμεσα ή έμμεσε, καμία αντίσταση κατά της στάσης των πραγμάτων που είχαν διαμορφώσει η Μεγάλες Δυνάμεις», τα γεγονότα εξελίχθηκαν ραγδαία.
Πρώτη ξεσηκώθηκε η Χειμάρα (9 Φεβρουαρίου 1914) , με τον Σπύρο Μήλιο ο οποίος κήρυξε την αυτονομία της Ηπείρου. Επικεφαλής του Αγώνα ορίστηκε ο Γεώργιος Ζωγράφος.
Αμέσως μετέβη στο Αργυρόκαστρο και σχημάτισε Προσωρινή Κυβέρνηση Της Αυτονόμου Ηπείρου(12 Φεβρουαρίου 1914).
Στις 16 Φεβρουαρίου 1914 κηρύχτηκε η αυτονομία στους Αγίους Σαράντα και στο Δέλβινο, ενώ όλα έδειχναν ότι η εξέγερση θα γενικευόταν σε ολόκληρη τη Βόρειο Ήπειρο.
Στις 17 Φεβρουαρίου 1914, ανακηρύχτηκε στο Αργυρόκαστρο η Αυτονομία και υψώθηκε η σημαία με τον Σταυρό και τον Δικέφαλο Αετό. Στις 20 Φεβρουαρίου 1914 η αυτονομία κηρύχτηκε στο Λεσκοβίκι και στις 23 στη Πρεμετή. Μάχες εναντίον των Αλβανών οι οποίες έλαβαν χώρα στη Πρεμετή κατέληξαν με νίκη των Βορειοηπειρωτών, προκαλώντας έκπληξη στη διεθνή κοινή γνώμη.
Τη διεξαγωγή του ένοπλου Αυτονομιακού Αγώνα ανέλαβαν τα γενναία τμήματα του Αυτονομιακού Στρατού που συγκροτούνταν από ντόπιους Βορειοηπειρώτες, εθελοντές από την Ελεύθερη Ελλάδα και τον απόδημο Ελληνισμό καθώς και αξιωματικούς και οπλίτες του Ελληνικού Στρατού.
Οι μάχες που διεξήχθηκαν μέχρι το Μάιο του 1914 ήταν σκληρές και υπό δυσμενείς συνθήκες. Παρά όλα αυτά, οι Αυτονομιακές Δυνάμεις κατόρθωσαν να διατηρήσουν τη Βόρειο Ήπειρο ελεύθερη και να υποχρεώσουν τους Αλβανούς να υπογράψουν στις 17 Μαίου 1914 το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας με το οποίο εξασφαλιζόταν η αυτονομία της περιοχής.
