Ο Δαρείος, λίγο πριν το τέλος του 6ου αιώνα π.Χ., έθεσε σε εφαρμογή το μεγαλεπήβολο σχέδιο του και μετά από μακρά προετοιμασία και συλλογή δυσβάστακτων φόρων από τους υπηκόους του, κατάφερε να συγκεντρώσει τον απαιτούμενο στρατό για να αναχωρήσει για την κατάκτηση της Ευρώπης, ξεκινώντας, όπως είδαμε, από την Σκυθία και την Θράκη.

Ως αφορμή προέβαλλε την εκδίκηση για μια παλαιότερη εισβολή των Σκυθών στην Περσία. Έτσι, το θέρος του 513 π.Χ. ο τεράστιος στρατός του Δαρείου διάβηκε τον Βόσπορο από μια πλωτή γέφυρα, την οποία είχε κατασκευάσει ο αρχιτέκτονας Ανδροκλής από την Σάμο. Ωστόσο, η εκστρατεία απέτυχε, με αποτέλεσμα ο Δαρείος να επιστρέψει στις Σάρδεις, αφήνοντας τον στρατηγό του Μεγάβαζο να κατακτήσει τις περιοχές της Θράκης και του Ελλησπόντου, κάτι που τελικά κατόρθωσε.

Εν των μεταξύ, όμως, η αποτυχημένη έκβαση της εκστρατείας στην Σκυθία επισκίασε την κατάκτηση της Θράκης, μέσω της οποίας ο Δαρείος θα αποκτούσε πρόσβαση στην κεντρική και νότια Ελλάδα, κάτι που αποτελούσε ουσιαστικά και τον στόχο του. Ωστόσο, με τις υπόλοιπες κατακτήσεις του κατάφερε να πλήξει την ελληνική οικονομία, συμπεριλαμβανομένων των εμπορικών δραστηριοτήτων, αναγκάζοντας με αυτό τον τρόπο αρκετές πόλεις – κράτη να δηλώσουν υποταγή, αποφεύγοντας έτσι την κατά μέτωπο σύγκρουση, αφού του ήταν ήδη γνωστό ότι οι Έλληνες διέθεταν απαράμιλλο σθένος και μαχητικότητα.

Λίγο αργότερα, και συγκεκριμένα περί το 500 π.Χ., η δημοκρατική παράταξη της Νάξου κατόρθωσε την ανατροπή του ολιγαρχικού πολιτεύματος, οδηγώντας συνάμα στην εξορία τους ολιγαρχικούς, οι οποίοι και βρήκαν καταφύγιο στον Αρισταγόρα, τον τύραννο της Μιλήτου. Εν συνεχεία, ο Αρισταγόρας κατάφερε να πείσει τον σατράπη των Σάρδεων Αρταφέρνη, αδελφό του Δαρείου, να πραγματοποιήσουν από κοινού εκστρατεία με στόχο την κατάληψη του νησιού. Ο Αρταφέρνης, αφού εξασφάλισε πρώτα την συγκατάθεση του Δαρείου για το συγκεκριμένο εγχείρημα, ετοίμασε ένα στόλο που απαριθμούσε περίπου διακόσια πλοία, στην πλειοψηφία τους ελληνικά.

Εντούτοις, τα στρατεύματα της Νάξου, έχοντας προφανώς πληροφόρηση από τα ελληνικά πληρώματα των πλοίων, προετοίμασαν την άμυνα τους. Έπειτα από μια πολιορκία περίπου τεσσάρων μηνών, η επιχείρηση θεωρήθηκε αποτυχημένη, με αποτέλεσμα ο στόλος να αποπλεύσει για τα παράλια της Ιωνίας.

Ο Αρισταγόρας τότε, έχοντας τον φόβο ενδεχόμενων αντίποινων από πλευράς του Δαρείου, συγκάλεσε συνέλευση των απανταχού ιωνικών πόλεων, όπου τους ανακοίνωσε τα σχέδια του για επανάσταση εναντίον των Περσών. Οι Ίωνες συντάχθηκαν με την πρόταση και το σχέδιο του και ξεκίνησαν τις προετοιμασίες. Ωστόσο, στο σημείο αυτό ιστορικές πηγές μας πληροφορούν ότι όταν ο Αρισταγόρας μετέβη στην Σπάρτη, με σκοπό να ζητήσει την υποστήριξη των Σπαρτιατών στην ιωνική επανάσταση εναντίον της περσικής επεκτατικότητας, ο Κλεομένης αρνήθηκε.

Οι Αθηναίοι από την πλευρά τους απέστειλαν προς υποστήριξη του εγχειρήματος μια συμβολική δύναμη είκοσι τριήρων, ενώ οι Ερετριείς πέντε. Αν και αρχικά η ελληνική πλευρά είχε κατορθώσει να σημειώσει κάποιες μικρές επιτυχίες, η επανάσταση κατέληξε σε αποτυχία και καταστροφή της Ιωνίας. Το ηθικό των επαναστατών, εν τω μεταξύ, αναπτερώθηκε από τις αρχικές πρόσκαιρες επιτυχίες τους, κατορθώνοντας στην συνέχεια να κυριεύσουν και να καταστρέψουν το 494 π.Χ. τις Σάρδεις, τις οποίες υπερασπιζόταν τότε ο Αρταφέρνης.

Τα αθηναϊκά στρατεύματα, ωστόσο, αποχώρησαν λόγω προβλημάτων με την Αίγινα και οι Ερετριείς τους ακολούθησαν, κάμπτοντας έτσι το ηθικό των επαναστατημένων. Οι Πέρσες εκμεταλλεύτηκαν την ευκαιρία για να ανασυγκροτηθούν, προετοιμαζόμενοι, ταυτόχρονα, κατάλληλα για την αντιμετώπιση της επαναστατημένης Κύπρου, της Καρίας και των πόλεων του Βοσπόρου, τις οποίες και υπέταξαν. Λίγο αργότερα ο ελληνικός στόλος αιφνιδιάστηκε ξανά από τους Πέρσες, με αποτέλεσμα να αναγκαστεί να αντιμετωπίσει τα εχθρικά στρατεύματα στο νησί Λάδη, κοντά στα ιωνικά παράλια και συγκεκριμένα μπροστά από την Μίλητο, όπου παρά την γενναιότητα που επέδειξαν τα ελληνικά πληρώματα, οι Ίωνες δεν κατόρθωσαν να νικήσουν. Η Μίλητος, δυστυχώς, καταστράφηκε ολοκληρωτικά και οι κάτοικοι της εξανδραποδίστηκαν.

Μετά την κατάκτηση της Μιλήτου ακολούθησε η κυρίευση των υπόλοιπων νησιών του ανατολικού Αιγαίου, καθώς και των παραθαλάσσιων πόλεων της Ιωνίας.

Εν τω μεταξύ, η συμμετοχή της Αθήνας και της Ερέτριας κατά την διάρκεια της ιωνικής επανάστασης έδωσαν στον Δαρείο το κατάλληλο πρόσχημα για να οργανώσει εκστρατεία εναντίον τους.