Στις αρχές του 1908 ο πρωθυπουργός Θεοτόκης προσπάθησε να εξαλείψει τις έριδες του Μακεδονικού Κομιτάτου με τους αξιωματικούς και ο Συνταγματάρχης Δαγκλής ανέλαβε τη διεύθυνση του αγώνα στη Κεντρική Μακεδονία. Αυτή η προσπάθεια αναδιοργάνωσης δεν άλλαξε κάτι ουσιαστικό καθώς η κατάσταση συνεχίστηκε μέχρι τη λήξη του αγώνα τον Ιούλιο. Μεγαλύτερα προβλήματα αντιμετώπιζε η βουλγαρική κυβέρνηση στη προσπάθεια να αναδιοργανώσει την ΕΜΕΟ και να την φέρει υπό τον πλήρη έλεγχό της. Μάλιστα, οι συνεχείς ήττες από τα ελληνικά σώματα οδήγησαν στην αδρανοποίηση της δραστηριότητας των τσετών σε πολλές περιοχές. Δεν παρατηρήθηκε η έντονη δράση των προηγούμενων ετών από την μεριά των Κομιτατζίδων, μιας και οι περισσότεροι Βοεβόδες είχαν εξοντωθεί. Αντίθετα, υπήρχαν αρκετά ελληνικά σώματα.
Στις 11 Ιουλίου του 1908, το κίνημα των Νεότουρκων «Ένωση και Πρόοδος» διακηρύσσει την επανάσταση με στόχο την επαναφορά του Συντάγματος του 1876 που είχα καταλυθεί. Στο κίνημα αυτό συμμετείχαν κυρίως αξιωματικοί του οθωμανικού στρατού, αλλά και άλλοι ανανεωτικοί φορείς όπως πολιτικοί και επιστήμονες. Η καταδυναστευτική πολιτική του σουλτάνου, η οικονομική αστάθεια και η ανυποληψία στην οποία είχε περιπέσει το Οθωμανικό κράτος με την συνεχή ανάμιξη των Μεγάλων Δυνάμεων στο εσωτερικό του, οδήγησαν τελικά στην εξέγερση για την αναδιοργάνωση, τον εκδημοκρατισμό και τον εκσυγχρονισμό του κράτους.
Την είδηση της επανάστασης υποδέχθηκαν με ιδιαίτερη ικανοποίηση οι Βούλγαροι, οι οποίοι ανέστειλαν άμεσα την δράση των Κομιτατζίδων στη Μακεδονία. Η ελληνική πλευρά ήταν περισσότερο επιφυλακτική στις εξαγγελίες των Νεότουρκων για εκπλήρωση των αιτημάτων των εθνικών μειονοτήτων. Παρ’ όλα αυτά αποφασίστηκε αναστολή της ένοπλης δράσης των ελληνικών σωμάτων και η παράδοση των όπλων στους Τούρκους με εξαίρεση τους Γυπάρη, Πούλακα και Παπαλουκά οι οποίοι αρνήθηκαν να τα παραδώσουν και κατέφυγαν στη Νότια Ελλάδα.
Η επανάσταση των Νεότουρκων, τερμάτισε τον τετραετή πόλεμο στη Μακεδονία, όμως στο επόμενο διάστημα η κατάσταση για τους υπόδουλους δυστυχώς επιδεινώθηκε αφού οι Νεότουρκοι εφάρμοσαν σκληρότερη πολιτική εκτουρκισμού. Η ελληνική κυβέρνηση προχώρησε σε στην ίδρυση της Πανελλήνιας Οργάνωσης και της αποστολής αξιωματικών στα προξενεία της Μακεδονίας, ώστε να υποστηριχθούν καλύτερα τα δικαιώματα των Ελλήνων γηγενών. Μερικοί οπλαρχηγοί συνέχισαν τη δράση τους μεμονωμένα μέχρι την τελική κήρυξη του πολέμου το 1912. Οι Βαλκανικοί πόλεμοι οδήγησαν στην οριστική απελευθέρωση του μεγαλύτερου τμήματος της Μακεδονίας και την ενσωμάτωσή της με την Ελλάδα.
